Cataluña recibe un tercio del presupuesto destinado al FLA. Casi otro tercio (1.510 millones) recibe Andalucía. El fondo funciona como un préstamo con unos tipos de interés muy bajos a las Comunidades Autónomas que incumplen sus objetivos presupuestarios. Este sistema se creó en 2012 con la intención de evitar que las Autonomías acudieran a los bancos. Desde entonces Cataluña ha recibido unos 70.000 millones de euros. En referencia a esta aportación estatal, Luis de Guindos, ministro de Economía ha afirmado que "el Tesoro financia a Cataluña como una madre".
Cataluña se rebeló contra la entrega de informes de gastos semanales en vez de mensuales. Esta fue la primera medida del Gobierno para evitar que se usara el dinero del Fondo de Liquidez Autonómico en el referéndum. La negación de Junqueras desencadenó la intervención del Gobierno.
Junto al FLA se aceptó la Facilidad Financiera para Comunidades Autonómicas con cuentas más saneadas.